他一直在山西为官，却没有接受晋商的贿赂，得以在前年的清洗晋商之事中保全了自。但因为他是山西布政使，也还是被晋商之事牵连狱。好在黄克缵惜他的才华，审察明白他没有与晋商有瓜葛后，极力在朱由校跟前为他开脱，才使得他免了被罢官。仅仅停职调查了一年以后，便被起复。天启二年的天，以右副都御史的份被派离京师，巡抚福建。

在1580年吞并了牙的西班牙，与荷兰签有的安特卫普协议,有休战十二年期限。荷兰人只能继续垂涎西班牙接手了牙在东方的权益，直到天启元年（1621）休战期满。全副武装的荷兰士兵近千人,由驻扎在爪哇达维亚的荷兰总督科恩下令，分乘十二艘船只组成的舰队,向大明的蚝镜发起了攻击。目的是想夺了蚝镜这个现成的港，作为荷兰人在东方的基地。继而替代了吕宋岛，从已经亡国的牙人手里得到与大明贸易的垄断权力。

南居益的第二封八百里加急，是隔了四日送往京师的。等这第二封八百里加急到京师的时候，徐光启已带了最新式的火炮去天津港。崔景荣站在养心殿里，心情已不复前几日的忐忑。

刚刚到福建的南居益，是以右副都御史的份巡抚福建的。他在福州得知了荷兰人占领厦门港的消息后，一面详细地把厦门师战败的细节写八百里加急里，作为朝廷增援的依据，一面面邀请荷兰人到福州商谈的贸易措施。

船小、火炮程不够，这一战使厦门师损失了十五艘战舰。登陆成功的荷兰人，向大明官府提中断与其他国家的贸易，所有的必须要通过荷兰人行。

这次突如其来的战争只持续了三天,因为登陆成功的荷兰人军火，被守在蚝镜的牙人火炮击中，迫使荷兰人丢下了一百多阵亡的士兵,四十余俘虏，灰溜溜地离开了蚝镜。

南居益名门，曾祖南从吉与曾伯祖南大吉皆士。祖父南轩是嘉靖年间的士、庶吉士，父亲南宪仲是万历二年的士、枣知县，可惜天不假年，未及擢用，突然病逝。南居益之后依靠家族长大，并在万历二十九年士得中，历授刑主事、广平知府后，擢山西提学副使、察使、左右布政使等。

南居益下令福建的所有船只围困住澎湖列岛，等待朝廷的援军。

这时候就看了大明文人的另一面。南居益以谈判的名义，宴请荷兰舰只的军官。席间酒佳肴，醉了所有的军官后，南巡抚下令将酒醉的荷兰人枭首，以报厦门登陆战中师丧生的将士之仇。余下的荷兰士兵，群龙无首，仓促间逃到了澎湖列岛。

因为大明师的舰艇吨位是400多，主要是由商船和民船改建的。而荷兰纵横海洋的盖船，排接近1000吨。还没来得及更换火炮的厦门师，原来的火炮程尚不到千米。

大明沿海的各个州府已经得到了朝廷的警告，警惕西洋荷兰人的侵。但就是在这样早有准备的情况下，厦门还是被荷兰人成功登陆了。

他刚从天津港回来，带回来新式战

离开蚝镜的荷兰船只继续在中国海岸游弋，他们要寻找能够泊下荷兰大船的海港。他们避开早知浅的广东师继续北上，在八月的时候袭击了厦门师。